Em 2004, uma equipe de pastores e educadores chegou a uma conclusão: fazia-se necessária uma grande reforma pedagógica no interior da instituição presbiteriana de ensino Mackenzie. Percebeu-se, na época, que era o momento de se promover um alinhamento das técnicas e recursos pedagógicos praticados dentro da instituição Mackenzie à sua confessionalidade. Foi criado, então, o Sistema Mackenzie de Ensino (SME), que está presente hoje em mais de 120 escolas parceiras.
A missão da equipe, segundo o Orientador Teológico-Filosófico do Sistema Mackenzie de Ensino, Mauro Fernando Meister, foi o de direcionar a produção de materiais que refletissem adequadamente a visão e a missão do Mackenzie. Para isso, organizou-se um cronograma de atividades e ações e, dentro deste escopo de trabalho, foi previsto e elaborado o novo Projeto Político-Pedagógico, que trouxe as premissas necessárias para o desenvolvimento do trabalho.
Com o Sistema Mackenzie de Ensino, além de serem enfatizados os valores e princípios que têm norteado o Mackenzie ao longo dos seus 140 anos de existência, buscou-se também o resgate de certos conteúdos deixados de lado nos materiais didáticos de outros sistemas de ensino, tais como a confessionalidade. A proposta foi a de aperfeiçoar uma educação fundamentada em uma concepção de sociedade sob a perspectiva cristã, desenvolvendo uma cultura que considera Deus o seu fundamento.
• Preparação das instalações físicas para abrigar o projeto e a equipe de informática.
• Início efetivo das reuniões de trabalho, com 16 professoras.
• Escrita da primeira versão dos cadernos do aluno e do professor da primeira etapa – Educação Infantil (três séries na época).
• Elaboração de um projeto pedagógico unificado para o Mackenzie.
• Finalização do Projeto Político-Pedagógico.
• Revisão de todos os cadernos preparados sob os parâmetros do Projeto Político-Pedagógico.
• Seguimento dos contatos externos de parceria com a presidência da ACSI (Ken Smitherman) iniciados em 2005 e ampliação dos contatos com outras possíveis fontes de materiais para o Ensino Fundamental II e Ensino Médio.
• Nova estrutura para o Projeto, com o envolvimento direto das três diretorias dos Colégios.
• Início da utilização do material produzido para a Educação Infantil pelos três colégios Mackenzie e mais quatro escolas cristãs convidadas para fazerem parte do Projeto Piloto. São elas: Academia Cristã de Boa Viagem (Recife), IPE (Goiânia), Colégio Presbiteriano Reverendo Felipe Manoel de Campos (Porto Feliz) e Colégio Presbiteriano de Tatuí (Tatuí).
• A partir do segundo semestre de 2007 e o primeiro de 2008, além da revisão dos materiais da Educação Infantil, a equipe preparou o piloto dos três primeiros anos do Ensino Fundamental. O número de escolas parceiras do Sistema Mackenzie de Ensino para a Educação Infantil saltou de sete para 30, 14 das quais também adotaram, em caráter experimental, os materiais do 1º ano (destas, seis utilizaram os livros do 2º e do 3º ano).
• Revisão dos materiais dos três primeiros anos do Ensino Fundamental e início da redação dos livros de Língua Inglesa e Arte do 1º ano e dos livros do 4º ano. Neste período, 22 novas escolas aderiram ao Sistema Mackenzie de Ensino, perfazendo um total de 52 instituições. O número de alunos, que em 2007 perfazia 907, saltou para 2.455 em 2008 (crescimento de 170,67%) para 4.303 em 2009 (crescimento de 75,27%).
• O planejamento de trabalho para 2009 incluiu a revisão dos livros do 4º ano, a redação dos livros de Língua Inglesa e Arte para o 2º e 3º anos, e a redação dos livros do 5º ano do Ensino Fundamental I.
• Versão revista e atualizada do material da Educação Infantil, conclusão do material do Ensino Fundamental I (1º ao 5º ano) e início dos trabalhos para a redação do material do Ensino Fundamental II (6º ao 9º ano).
• O número de escolas parceiras chega a 87.
• O número de escolas parceiras chega a mais de 120.
• Conclusão do material do 6º ao 7º ano e início dos trabalhos para a redação do material do 8º ao 9º ano (Ensino Fundamental II).